Historia maratonu sięga początków lat 70-tych. Wówczas w Mazowieckim Klubie Górskim "Matragona" przy Oddziale PTTK "Mazowsze" obok turystyki górskiej szeroko uprawiana była niedzielna turystyka piesza. Poznaliśmy prawie wszystkie lasy w promieniu 50 km od Warszawy i wówczas kilku uczestników tych wędrówek zapragnęło "sprawdzić się", wymyślając coraz dłuższe trasy wycieczek.
W 1974 roku inicjator większości tych wędrówek, Prezes Klubu Andrzej Zboiński zaproponował organizowanie jesienią stałej imprezy jednodniowej na dystansie 50 km - "Przejście Puszczy Kampinoskiej". Pierwsza impreza odbyła się w grudniu na trasie z Chodakowa do Dziekanowa Leśnego. Dwie kolejne zorganizowano w latach 1975 i 1976
na podobnych trasach, z udziałem niewielkiej liczby uczestników z Klubu „Matragona”.
W roku 1977 po raz pierwszy znaleźli się chętni na dłuższe dystanse. Dystans 75 km przeszły trzy osoby, natomiast 100 km pokonał samotnie Andrzej Zboiński, udowadniając, że dystans ten jest do przejścia w 24 godziny. Starty
na poszczególne dystanse odbywały się w różnych miejscach i godzinach, tak dobranych, aby wszyscy uczestnicy dotarli do wspólnej mety w Dziekanowie Leśnym w jednym czasie. W roku 1977 zmieniona została też nazwa imprezy
na "Maraton Pieszy w Puszczy Kampinoskiej". Przyjęte zostały również wzory medali za przejście trasy maratonu
(w kolorach: brązowym za 50 km, srebrnym za 75 km i złotym za 100 km) zaprojektowane przez Zdzisława Grada (sędziego głównego maratonu w latach 1977-1993), które obowiązują do dzisiaj. Medale Maratonu otrzymują uczestnicy, którzy pokonają jeden z dystansów w wyznaczonym limicie czasu 12 godzin (50 km), 18 godzin (75 km) i 24 godzin
(100 km).
Od roku 1978 wszyscy uczestnicy maratonu startują w sobotni wieczór równocześnie z jednego punktu (przeważnie z Dziekanowa Leśnego) z możliwością przejścia: 50, 75 i 100 km. Ci, którzy z założenia startowali tylko na 50 km, mogli wyruszyć w niedzielę rano, na drugą połówkę dystansu 100 km. Od 1996 roku wprowadzono możliwość przejścia 50 km na specjalnej trasie dziennej.

W okresie 1980 – 1987 liczba uczestników maratonu nie spadała poniżej 100 osób. Mniejsze zainteresowanie maratonem w końcu lat 80-tych i w pierwszej połowie lat 90-tych mogło być wywołane wzrostem aktywności społeczeństwa w innych dziedzinach życia (zawodowej, społecznej lub politycznej) i związanym z tym ograniczeniem czasu na uprawianie turystyki i sportu.
Popularyzacja maratonu za pośrednictwem internetu, a także upowszechnienie się w społeczeństwie „mody” sprawdzania możliwości swojego organizmu w imprezach ekstremalnych, spowodowały gwałtowny wzrost liczby uczestników od 2000 roku. W okresie 9 lat frekwencja w maratonie powiększyła się blisko 2,5-krotnie.
W ostatnich pięciu latach liczba uczestników kończących maraton nie spadała poniżej 240 osób, a w ostatnim maratonie przekroczyła 300, pomimo wprowadzenia limitu zgłoszeń do 400 osób.
W początkowym okresie, w latach 70-tych maraton rozgrywano w różnych terminach: we wrześniu, listopadzie lub w grudniu. Począwszy od 1980 roku maraton odbywa się z reguły w pierwszą sobotę i niedzielę października. Przyzwyczajenie stałych jego uczestników do tego terminu jest na tyle silne, że wyjątkowe przesunięcie terminu o tydzień wcześniej w 1990 roku spowodowało gwałtowny spadek frekwencji.
Maraton Pieszy w Puszczy Kampinoskiej jest podobno najstarszą tego typu imprezą w Polsce. Cieszy się zainteresowaniem nie tylko na Mazowszu. Biorą w nim udział również osoby z bardzo odległych miejscowości z innych województw, a nawet z zagranicy.
Łącznie w 34 maratonach w latach 1974 – 2009 odnotowano 4341 przejść trasy, w tym aż 1197 najdłuższego dystansu 100 km. Uczestnicy maratonów pokonali łącznie 291150 km.
Duża grupa osób biorących udział w maratonie to stali bywalcy. Z 2111 osób, które wzięły udział
w dotychczasowych maratonach 726 osób uczestniczyło w nich więcej niż jeden raz, z czego 50 osób co najmniej 10 razy. Wieloletni uczestnicy tworzą nieformalne towarzystwa maratońskie, umawiają się na wspólne treningi i starty. Jedna
ze stałych grup uczestników przyjęła sobie nazwę „Łakomych na marsz” od nazwiska najstarszego z jej członków.
Dla tych, którzy chodzą od wielu lat, za przejście każdego tysiąca kilometrów przyznawane są specjalne medale
"Za wytrwałość". Do 2009 roku wręczono 38 medali za 1000 km, osiem medali za 2000 km i jeden medal za 3000 km.(tabela 3). Wśród wytrwałych maratończyków są również trzy kobiety nagrodzone medalami za przejście 1000 km.

Od 2006 roku Maraton Pieszy nosi imię Andrzeja Zboińskiego, najwytrwalszego uczestnika dotychczasowych maratonów , inicjatora powstania tej imprezy i jej niestrudzonego organizatora (uczestniczył we wszystkich 32 maratonach od ich inauguracji w 1974 roku do 2005 roku, zdobywając jako pierwszy medale za przejście 1000, 2000
i 3000 km). Rokroczne sprawdzenie swoich sił w maratonie było jego sposobem na życie. Nie przeszkodziła mu w tym nawet ciężka operacja jaką przeszedł w  1994 roku. Gdy w 2005 roku otrzymywał medal za przejście 3000 km wydawało się niemal oczywiste, że za 10 lat trzeba będzie pomyśleć o przygotowaniu nowego medalu za 4000 km. Niestety nieoczekiwana śmierć Andrzeja w lutym 2006 roku pokrzyżowała te plany.
14 października 2006 roku na Uroczysku Szczukówek w Kampinoskim Parku Narodowym postawiono kamień
z tablicą poświęcony Jego Pamięci. Począwszy od 2006 roku jest to miejsce startu maratonów.
Najstarszy uczestnik w historii maratonów Pan Jan Łakomy liczy sobie 85 lat. W Maratonie w Puszczy Kampinoskiej startuje regularnie od 15 lat. W 2004 roku w wieku 80 lat na dystansie 100 km ustanowił swój rekord życiowy (poniżej 18 godzin), a w 2005 roku w wieku 81 lat za przejście 1000 km w Maratonach Pieszych otrzymał medal „Za wytrwałość”.
Najmłodsi uczestnicy, zgodnie z regulaminem, liczą sobie po 16 lat i mogą brać udział w maratonie za zgodą rodziców.
Celem Maratonu Pieszego wpisanym do jego regulaminu jest „umożliwienie uczestnikom wykazania się wytrzymałością w marszu oraz umiejętnością sprawnej orientacji w terenie". Indywidualne czasy przejść są podawane uczestnikom i wpisywane do karty uczestnictwa, ale nie są traktowane jako element klasyfikacji startujących w maratonie. Niedawno zmarły, sędzia główny wielu maratonów Zdzisław Grad mówił: "Najlepsi są wszyscy, którzy ukończyli maraton - bo czy kto przeszedł 100 km w 24 godziny czy w 13 godzin, włożył jednakowy wysiłek i w równym stopniu może czuć się zwycięzcą".
Są uczestnicy, którzy po ukończeniu maratonu mówią "nigdy więcej", a na drugi rok stają znowu na starcie. Inni, szczególnie ci starsi, twierdzą, że jest to dla nich sposób na życie i nie mogą sobie wyobrazić następnego roku bez swego udziału w tej imprezie.
Większość startujących pokonuje trasę marszem. Nieliczni pokonują dystans maratonu biegiem. Ponieważ w trakcie maratonu nie ma możliwości kontrolowania techniki poruszania się, organizatorzy dopuszczają możliwość przebiegnięcia trasy, nie stosując wyróżnień za osiągnięty czas. W 2005 roku dla osób osiągających na trasie maratonu przeciętne prędkości powyżej 6,6 km/ godzinę (głównie biegaczy) wprowadzono oddzielny, późniejszy o 3-4 godziny termin startu. Dzięki temu możliwe było skrócenie okresów funkcjonowania punktów kontrolnych i met poszczególnych dystansów.
Głównymi organizatorami maratonu są Mazowiecki Klub Górski „Matragona” i jego macierzysty Oddział PTTK Mazowsze. Zdecydowaną większość obsady punktów kontrolnych i met poszczególnych dystansów zapewniają wolontariusze z „Matragony”, wspierani częstokroć przez członków innych kół i klubów zrzeszonych w Oddziale Mazowsze, szczególnie z Klubu „Kampinos” i Koła nr 8.
Podstawowym źródłem finansowania imprezy są kwoty wpisowego wpłacane przez uczestników. W latach 70-tych
i 80-tych sporadycznie uzyskiwano dofinansowania od jednostek zwierzchnich PTTK, w tym macierzystego Oddziału PTTK Mazowsze. W latach 2005 – 2008 maratony dofinansowywał  Urząd Marszałkowski Województwa Mazowieckiego.
W ostatnich latach pojawiły się upominki dla maratończyków fundowane przez: Kampinoski Park Narodowy, Wydawnictwo Kartograficzne „Compass” (2006-2007), „Pelta Travel”(2007-2008), oraz firmę „Ratel” (2009).
Od początku funkcjonowania imprezy organizatorzy spotykali się z przychylnością władz Kampinoskiego Parku Narodowego, które nie tylko zezwalają na organizację imprezy, ale również, począwszy od 2001 roku, udostępniają siedzibę Dyrekcji Parku do organizacji mety dla dystansu 100 km. Od 2006 roku Kampinoski Park Narodowy pozostaje oficjalnym współorganizatorem maratonu. Przy organizacji met pozostałych dystansów pomocy udzielali dyrektorzy szkół bądź sołtysowie z miejscowości położonych w obrębie lub na obrzeżach Parku (Lasocin, Górki, Rybitew, , Łubiec, Nowa Wieś Śladów, Śladów, Miszory, Julinek, Stara Dąbrowa).